Na década de 90, a organização também já buscava consolidar a Reserva do Una, no sul da Bahia, protegendo importantes remanescentes nordestinos.

E assim que o WWF-Brasil foi criado, em 1996, a Mata Atlântica logo se tornou o alvo de um programa próprio de conservação, com agenda genuína e exclusivamente brasileira.

Desde então, o Programa Mata Atlântica liderou diferentes ações conservacionistas, campanhas e parcerias estratégicas com o poder público para o cuidado com as áreas protegidas.

Teve papel fundamental, por exemplo, na criação da APA Bacia do Rio São João, com 145 mil hectares, no Rio de Janeiro, em 2002, e na criação da RPPN Corredor do Iguaçu I – Araupel, com 5,1 mil hectares em propriedade da Araupel, no Paraná, em 2001.

Em 2002, em parceria com a Associação Mico-Leão-Dourado (AMLD), realizou a bem sucedida Campanha Mico 1000, lançada com o nascimento do milésimo mico-leão-dourado na natureza.

No dia da criação da área, o Banco Central lançou a cédula de R$ 20 ilustrada pelo mico-leão-dourado, transformando-o em um símbolo nacional. O animal foi escolhido pelo público em uma consulta sugerida pelo WWF-Brasil.

Entre outras ações do programa estiveram o incentivo à implantação de corredores florestais entre fragmentos e reabilitação da paisagem na região de Iguaçu (PR), região da Bacia do São João (RJ) e no Nordeste, especificamente em Murici (AL).

Por fim, a parceria com o poder público (Fundação Florestal do Estado de SP) e com o movimento organizado de RPPNs, em São Paulo (Frepesp), vem permitindo planejar a implantação de uma verdadeira rede de Unidades de Conservação no estado. Entre as ações de grande sucesso está a criação da Unidade de Conservação de Bertioga.