Ameaças

 
Quando se fala em Pantanal, a imagem que se tem é de um santuário preservado e intocado, repleto de água, com belas paisagens formadas por rios, lagoas e uma grande variedade de animais e plantas. Mas o Pantanal belo e diverso que conhecemos é também uma região sensível e vulnerável a ameaças tanto de dentro quanto de fora e pode desaparecer se  não for preservado.
 
O Pantanal depende da manutenção do ciclo hidrológico, que permite o  subir e baixar das águas e a inter-relação entre as espécies. Qualquer mudança nesse ciclo pode comprometer os ecossistemas e modificar toda essa paisagem.
 
A pecuária não sustentável, a   monocultura da cana-de-açúcar e da soja e a contaminação de solos e dos recursos hídricos com insumos agrícolas são pontos de alerta. Qualquer impacto negativo nas nascentes e cabeceiras dos rios pode, por exemplo, alterar de forma drástica toda a planície inundável.
 
Da mesma forma, grandes projetos de infraestrutura previstos para serem realizados na região podem impactar negativamente se forem executados sem considerar as características naturais nativas.

Pecuária não sustentável 
 
A ocupação do Pantanal por europeus e seus descendentes foi iniciada no século 18 com a introdução da pecuária na região. A atividade econômica tornou-se a mais significativa e se estende do planalto das bordas da bacia até a planície alagável.
 
Com um rebanho estimado em 16 milhões de cabeças de gado, ela estabelece o padrão de ocupação do espaço geográfico e determina a cultura pantaneira, além de muitos dos impactos ambientais na região.
 
Infraestrutura
 
Desmatamento, queimadas e assoreamento de rios são alguns dos problemas relacionados com a atividade, quando a mesma não é praticada com responsabilidade.
 
Nas últimas décadas, aumentou a pressão pela instalação de projetos de desenvolvimento com sérios impactos ao meio ambiente, entre eles, a instalação de hidrelétricas nas cabeceiras dos rios, a construção de hidrovia no rio Paraguai,
 
O crescente número de usinas hidrelétricas modificarão o ciclo hidrológico; a hidrovia em discussão e a produção de carvão ameaçam a cobertura vegetal da região.

Agricultura
 
Os recentes esforços de redução das emissões de CO2 pela expansão da produção de álcool e biocombustíveis em geral aumentam a preocupação a respeito de seus impactos sobre o Pantanal, tendo em vista a crescente demanda por terra agricultável e água para irrigação de lavouras e processamento destes combustíveis, o que provocará o aumento da liberação de agrotóxicos e rejeitos, além da sedimentação provocada pela erosão.